قصة انمي Dr. Stone: Stone Wars تتمة لاحداث الموسم السابق.
تسعى مملكة العلم إلى الإبحار من أجل الاستكشاف باسم العلم. وللقيام بذلك، عليهم إزالة التحجير عن روسوي نانامي وهو بحّار بارع
يفي سينكو بوعده ويعيد إحياء أخت تسوكاسا. يستعد أفراد القرية لحزم أمتعتهم والعودة لديارهم، وحينها يكتشف كروم أنّ بعض الديناميت مفقود، وبعد ذلك بلحظات، يسمعون انفجار صادرًا من...
يحاول سينكو وبقية أفراد فريق العلم ابتكار طريقة لمحاولة قلب الموازين في الحرب، بينما يحاول فريق المعارك تأخير تسوكاسا وهيوغا قدر الإمكان لتوفير الوقت لفريق العلم
تبدا أخيرًا المعركة الأخيرة بين مملكة العلم وإمبراطورية تسوكاسا للتحكم بكهف المعجزة، وتملك مملكة العلمة 20 ثانية للفوز بالمعركة دون أي خسائر بشرية
بعد عودة كروم، لم يعد هناك حاجة لتدمير الغوريلًا البخارية وسيتم استعمالها لمحاولة الاستيلاء على كهف المعجزة. وفي نفس الوقت تبدأ خطة سينكو لمحاولة ضمّ أكبر عدد ممكن من رجال تسوكاسا
يستعد سينكو والبقية لتنفيذ خطة إنقاذ كروم من سجن تسوكاسا، بينما يحاول كروم بدوره الهرب بنفسه من زنزانة الخيزران
يصنع سينكو عربة بخارية وينطلق أخيرًا مع مملكة العلم لمحاولة إنقاذ كروم من تسوكاسا. لكنّ سينكو يقرر عمل تعديل على العربة قبل ذلك
تقبل نيكّي عرض سينكو وتنضم لمملكة العلم وتخبرهم بالمشكلة الكبرى التي ستواجههم. في تلك الأثناء لا يزال ماغما وكروم يقاتلان أوكيو
يتصل سينكو بتايجو ويوزوريها أخيرًا ويطلعهما على الخطّة، ويطلب منهما إحضار شخص ما إلى الهاتف من رجال تسوكاسا. في تلك الأثناء يحاول غين وماغما وكروم العودة للقرية لبدء الخطة
تبدأ مملك العلم بالتّحرك ويبدؤوا بتضليل هومورا التي تراقبهم كي يتمكن كرون وغين وماغما من الذهاب إلى منقطة تسوكاسا دون أن تدرك. لكنهم يفشلون في الإمساك بها وتكتشف غياب مجموعة كروم.
تبدأ مملكة العلم بالاستعداد للمعركة ضدّ إمبراطورية تسوكاسا. ينوون تسديد ضربة استباقية كي يأخذوا الأفضلية قبل أن تتسنى الفرصة لإمبراطورية تسوكاسا، ولذلك تخطر فكرة خبيث على غين يوافق عليها سينكو
