قصة أنمي Toaru Majutsu no Index II تأتي استكمالًا لقصة الموسم الأول.
تواصل GROUP طلب Accelerator من خلال إعطائه مهمة قتل Misuzu - مما يؤدي إلى قيام Accelerator بحماية المرأة فقط لنكاية المنظمة عندما تهاجم Skill Out.
أصيب Accelerator، ولكن حتى في تلك الحالة، اتصلت به منظمة تعمل في المدينة وتريد تجنيده. مع انتشار شائعات عن حرب وشيكة في جميع أنحاء المدينة الأكاديمية، قرر الطلاب في صف توما إقامة حفلة.
من أجل إنقاذ الطلب الأخير، هل سيضحي Accelerator بنفسه؟ ينكشف ماضي "فينتو"، ويلقي "توما" خطابًا يشبه "توما"، ويغني "إندكس" أغنية مع احتدام المعركة في "المدينة الأكاديمية".
عندما يستنتج Accelerator من الذي يحرك كل الخيوط في Academy City، لا يوجد شخص - أو مبنى - في مأمن من غضبه. في هذه الأثناء، يذهب توما في اندفاعة جنونية عبر المدينة بحثًا عن الطلب الأخير، لكن ما يجده هو ملاك.
تمكن Accelerator من الهروب من Kihara، وأخذ معه Index. في مكان آخر، يهرب توما ولاست أوردر من هاوند دوج، لكن التهديد الحقيقي لحياتهم قد يأتي من فينتو.
يحاول Accelerator تعويض ماضيه من خلال القيام ببعض الأعمال الصالحة، ولكن ينتهي به الأمر بهجوم من قبل مجموعة يقودها شخص من ماضيه. في هذه الأثناء، يكتشف توما أحداثًا غريبة في قوات الشرطة ويسمع حديثًا عن دخيل في المدينة الأكاديمية.
تواجه "لورا" مذكرة سرية أثناء وقت استحمامها، ويشتري "توما" قطعة مجوهرات من "ميكاسا 10032"، ويجتمع العديد من الأعداء القدامى معًا للبحث عن "الطلب الأخير".
تقنع ميكوتو توما بالتوقيع على عقد هاتف محمول للأزواج معها حتى تتمكن من الحصول على عنصر ترويجي رائع - ولكن إلى أي مدى يرغب الاثنان في قبول الحيلة قبل أن يقتربا كثيرًا.
يواجه توما الأسقف بياجيو وجهاً لوجه أثناء محاولته إنقاذ أغنيسي. مع احتدام المعركة، تم الكشف عن أن ملكة البحر الأدرياتيكي هي سفينة يمكنها تدمير المدينة الأكاديمية بالكامل.
تعقد Agnese صفقة مع Toma وOrsola تضمن هروبهما الآمن من سفينة الروم الأرثوذكسية - طالما أنهما يأخذان الأختين Angelene وLucia معهم. أثناء بحثهم عن الراهبات، يكتشفون المزيد عن الغرض الحقيقي الرهيب للسفينة.
بعد فوزهما برحلة إلى إيطاليا، يلتقي "توما" و"إندكس" ببعض المعارف القدامى. ولكن أينما ذهب هذان الشخصان، فمن المؤكد أن الكارثة ستتبع - هذه المرة على شكل قتلة!
مع اقتراب توما والآخرين من التغلب على أوريانا، تنكشف أخيرًا الدوافع وراء تصرفاتها. لكن القضاء على أوريانا قد لا يكون كافيًا لمنع مؤامرتها من الوصول إلى نهاية كارثية!
يحقق توما وتسوشيميكادو في تاريخ قطعة أثرية مقدسة بينما يحاولان اكتشاف خطة أوريانا. عندما يكتشفون أن أمامهم فقط حتى حلول الظلام لمنعها من تنفيذ مؤامرة شريرة، تبدأ المعركة من أجل مستقبل المدينة الأكاديمية!
تأتي تعويذة موقع تسوتشيميكادو بنتائج عكسية وتقود أوريانا إليه مباشرة، مما يؤدي إلى مواجهة ملحمية. لكنه ليس الوحيد الذي تعرض لسحر أوريانا: يشعر هيميجامي بقوة ملقي التعويذة، وقد لا ينجو.
مع إلغاء الاختزال، يستخدم Stiyl سحره لتحديد موقع Oriana، مما يتسبب في اندلاع القتال. في لندن، تعلم "لورا" أن صفقة "أوريانا" قد لا تكون لشراء "السيف الطعنة"، بل لشيء آخر تمامًا.
بينما يحاول توما ومجموعته تعقب أوريانا، يكتشفون أن "الاختزال" - تعويذة متخصصة تعمل من تلقاء نفسها بمجرد إلقاءها - تقصر من سحرهم. ولكن قبل أن يتمكنوا من إلغاء تنشيطه، يقع حادث في المدرسة المتوسطة.
إنه مهرجان دايهاسي، وآباء الجميع موجودون في المدينة! بينما يتنافس توما وميكوتو ضد بعضهما البعض في أحداث مختلفة، تتفاوض ساحرة من الروم الأرثوذكس ومساعدها لشراء بقايا قوية من الكنيسة البيوريتانية الإنجليزية.
تستخدم مستنسخات ميكوتو شبكتها التخاطرية لتجنيد Misaka 10032 لمساعدتهم في منع Musujime من إعادة بناء مخطط الشجرة في محاولة لمعرفة سبب كون البشر الكائنات الوحيدة التي تتمتع بقوى إسبر.
تمت سرقة حقيبة ذات تقنية عالية من السعاة، وكوروكو في الوظيفة! لكن محتويات الطرد قد تكون أكثر خطورة من أي لصوص أو محتالين صغار. أيضًا، ما الأمر مع كل الطقس الغريب في المدينة الأكاديمية؟
تواصل الراهبات الروم الأرثوذكس هجومهن بينما تخاطر أورسولا بكل شيء حتى يتمكن الفهرس من فك رموز كتاب القانون. يمكن أن يساعدهم السحر سيئ السمعة في النهاية على هزيمة أعدائهم، ولكن هذا فقط إذا كان يعمل كما هو مفترض.
مع أخذ أورسولا كرهينة، ينقل توما وعصابته المعركة إلى الكنيسة. هناك، يطلق "إندكس" تعويذة قوية. تبدو الأمور قاتمة بالنسبة للروم الأرثوذكس، لكن استعدادهم للتضحية بأنفسهم قد يمنحهم اليد العليا.
تستمر المعركة حول أورسولا، الراهبة الوحيدة التي يمكنها قراءة كتاب القانون، حيث يُجبر توما على العمل كخدعة غير مقصودة. يصطدم آل أماكوسا بممثلي الكنيسة، لكن قد لا يكون الجاني الحقيقي وراء المؤامرة هو ما توقعه توما.
كتاب القانون عبارة عن أداة سحرية مشفرة لا تمتلك سوى راهبة واحدة المهارات اللازمة لفك شفرتها - وقد اختفت! إذا تم استخدام سحره، فسوف يجلب كل أنواع الخراب. الآن، على الكنيسة فقط أن تحافظ على سلامة الراهبة الموهوبة. ما مدى صعوبة ذلك؟
مع انتهاء الصيف، يحاول توما يائسًا إكمال واجباته المنزلية - لكن هذا غير وارد تمامًا بمجرد أن يقوم ساحر يُدعى ياميساكا باختطاف إندكس. بينما يحاول توما إنقاذ صديقته، يجد أن دوافع آسرها قد تكون أكثر من مجرد الحقد.
